Лишения, вызванные войной и революцией, Сергей Голощапов рассматривал как временные и твердо верил, что скоро они закончатся. Однако, будучи глубоко религиозным человеком, никак не мог примириться с теми гонениями на Церковь, которые начались с первых дней советской власти. Именно тогда он принял решение принять духовный сан и идти к людям со словом Божиим. С этой целью Голощапов обратился к Святейшему Патриарху Тихону, который благословил его на осуществление задуманного. В феврале 1920 г. он был рукоположен в диаконы, а в мае того же года – в иереи. В скором времени ему был предложен приход – церковь Святителя Николая в Покровском.

Переехав с семьей в церковный дом, о. Сергий с головой уходит в новую деятельность. Организует при храме начальную приходскую школу, где в доступной форме рассказывает и разъясняет Священное Писание, смысл церковных богослужений, учит церковному хоровому пению. Церковь скоро становится общественным центром – на занятия собирались не только прихожане, но и люди со всей Москвы.

Московская духовная академия, хотя и была официально закрыта, продолжала существовать полулегально. Трудности были огромные, средств на оплату преподавателям не было совсем, вся деятельность осуществлялась благодаря их энтузиазму и подвижничеству. Возглавлял Академию профессор А.П. Орлов, который пригласил о. Сергия в качестве приват-доцента на кафедру философии.

В 1923 г. по состоянию здоровья о. Сергий вынужден был оставить преподавание в школе, работу на кафедре философии в МДА и даже свое любимое детище – приходскую духовную школу при Николо-Покровской церкви.

С 1923 по 1926 г. отец Сергий служил в единоверческом монастыре на Преображенской площади, а в 1926 г. стал настоятелем храма Св. Троицы в Никитниках. Здесь о. Сергий решил не только возобновить богослужения, но и восстановить их в полном соответствии с Уставом. «Не любить богослужения – невозможно, не увлекаться ими – немыслимо. Если есть где в мире красота, то она особенно выразится в служении самому высокому, самому прекрасному, самому чистому, т.е. Богу», – так говорил о. Сергий.

 

Сохранились воспоминания одного из московских священников, который утверждал, что о. Сергий с 1926 г. предоставлял для академических лекций подклеть храма Грузинской иконы Божией Матери в Никитниках.

 

Община просуществовала около трех лет. В 1929 г. о. Сергий был арестован и сослан на Соловки, где в качестве помощника лекаря провел два года, в 1931 г. его отправили на новое место ссылки, в Мезень, куда выслали и его жену с сыном.

 

В 1934 г. в связи с окончанием срока высылки им разрешили поселиться в средней по(лосе России. На полтора года местом их жительства становится г. Муром. Затем жена возвращается в Москву, а самому о. Сергию приходится поселиться в Можайске. Несмотря на тяжелейшие обстоятельства, болезни, отсутствие каких бы то ни было средств к существованию, о. Сергий не падал духом, поддерживал всех, кто в тот, последний период его жизни был рядом. В крохотной каморке, которую он снимал в Можайске, устроил алтарь и ежедневно совершал богослужения, горячо молясь за всех страждущих. 7 декабря 1937 г. его арестовали на квартире, когда он служил всенощное бдение. Обвинение заключалось в том, что о. Сергий совершал незаконные богослужения и «рассеивал» контрреволюционную пропаганду.

 

Решением «тройки» его приговорили к высшей мере – расстрелу. Приговор был приведен в исполнение 19 декабря на полигоне в Бутове.